Die Farben der Allemannia - „Schwarz-Weiß-Rot” (von unten) - lassen sich ableiten aus den Farben „Schwarz-Rot-Gold”. Diese Farben waren seit den Befreiungskriegen 1813 gegen Napoleon ein Symbol des deutschen Einheitsgedankens und haben mit ihren Ursprung in den Uniformfarben des Lützowschen Freikorps, dem sich damals viele Studenten im Kampf gegen Napoleon anschlossen.

In der Zeit der Märzrevolution 1848 wurden die Farben „Schwarz-Rot-Gold” vom Bundestag des Deutschen Bundes - dem Gremium der Fürstenvertreter der Deutschen Nationalversammlung – zu den Bundesfarben erklärt.

Die Deutsche Nationalversammlung trat am 18. Mai 1848 in Frankfurt am Main zum ersten Mal zusammen. Der Saal der Paulskirche in Frankfurt war in den Farben „Schwarz-Rot-Gold” geschmückt. Das Parlament erließ am 12. November 1848 ein Gesetz, welches diese Farben als nationales Symbol festlegte.

Nach der Auflösung der Nationalversammlung im Juni 1849 und dem Einholen der Bundesfahne vom Turm der Paulskirche im September 1850 wurden die Farben „Schwarz-Rot-Gold” in manchen Teilen Deutschlands verboten.

Als sich die Burschenschaft Allemannia zum WS 1856/57 am 7.11.1856 im „Café Boley” an der Alten Brücke in Heidelberg gründete, waren auch im Großherzogtum Baden die Farben „Schwarz-Rot-Gold” untersagt. In Anlehnung an diese Farben wählten die Gründer der Allemannia daher „Schwarz-Weiß-Rot” - von unten.